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反硝化作用是在外界提供有机碳源情况下，由反硝化菌把硝酸盐和和亚硝酸盐还原成氮气。氨氮在水体中硝化作用的产物硝酸盐和亚硝酸盐对饮用水有很大危害。硝酸盐和亚硝酸盐浓度高的饮用水可能对人体造成两种健康危害，长期饮用对身体极为不利，即诱发高铁血红蛋白症和产生致癌的亚硝胺。硝酸盐在胃肠道细菌作用下，可还原成亚硝酸盐，亚硝酸盐可与血红蛋白结合形成高铁血红蛋白，造成缺氧。由此看来，氨氮的去处在污水净化过程中尤为重要。
养殖水体中的含氮有机物，在水体中先转为氨态氮，再转为亚硝态氮，后为硝态氮。转化过程中，从含氮有机物到氨氮需要的时间不长，从氨态氮到亚盐的时间较短，但从亚盐的转化时间比较长。我们知道，当氨氮的浓度达到高峰时（3～4天），亚硝态氮就开始上升，当亚硝态氮的浓度达到高峰时（3～4天），硝态氮就开始上升。
亚硝态氮的有效分解需要12天甚至更长的时间。在养殖水体中由于大量的投饵，造成氮素的大量积累。氮素通过各种微生物的作用，转化为氨氮、亚盐和盐，这三种氮素一方面被藻类和水生植物吸收，另一方面盐在条件成熟的时候通过脱氮作用将硝态氮转化为。
如果水体中达到一定的自净平衡状态，在没有外来的干涉（如没有用消），那么水的氮循环会比较正常，三态氮会一直维持在的状态。但是在养殖水，由于定期的使用消剂，把有害的和有益的通通杀灭，氧气的供应不足，常常造成硝化过程受阻，这就是水中氨氮和亚含量高的主要原因，由于氨氮的转化速度较快，因此亚的问题为突出。
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